碳同化亦稱為暗反應。然而，光除了通過光反應提供同化力外，還調節著暗反應的一些酶活性。例如Rubisco、PGAK、FBPase、SBPase、Ru5PK屬于光調節酶。在光反應中，H+被從葉綠體基質中轉移到類囊體腔中，同時交換出Mg2+。這樣基質中的pH值從7增加到8以上，Mg2+的濃度也升高，而Rubisco在pH8時活性最高，對CO2親和力也高。其他的一些酶，如FBPase、Ru5PK等的活性在pH8時比pH7時高。在暗中，pH≤7.2時，這些酶活性降低，甚至喪失。Rubisco活性部位中的一個賴氨酸的ε-NH2基在pH較高時不帶電荷，可以與在光下由Rubisco活化酶（activase）催化，與CO2形成帶負電荷的氨基酸，后者再與Mg2+結合，生成酶-CO2 -Mg2+活性復合體（ECM），酶即被激活。光還通過還原態Fd產生效應物——硫氧還蛋白（thioredoxin, Td）又使FBPase和Ru5PK的相鄰半胱氨酸上的巰基處于還原狀態，酶被激活；在暗中，巰基則氧化形成二硫鍵，酶失活。