1. 磁共振波譜對判斷梗死區腦細胞功能的恢復有監測作用，有利于判斷病變的預后。
2. 判斷腦腫瘤的放射治療、化學治療及手術治療后的療效、是否有腫瘤殘留或復發。區分急、慢性期以及對脫髓鞘疾病治療的療效做出判斷。
3. 用3P磁共振波譜來檢測肝腫瘤放射后所致的肝放射性損傷的程度以及肝能量代謝的狀況并對肝功能進行評價。
4. 檢測假性肥大性肌營養不良、強直性肌營養不良、家族性脊椎肌萎縮等疾病。
5. 磁共振波譜是檢測心肌缺血新的無創方法，可檢出早期心肌缺血，以及對心肌的血流灌注進行評價。
6. 結合快速磁共振成像進行節段性室壁運動和心肌代謝的觀察。