1.體內有鐵磁性金屬異物，尤其是眶內和重要器官旁(如大血管)，是絕對禁忌證。
2.心臟起搏器、神經刺激器植入者。
3.體內有鐵磁性金屬植入物，如動脈夾、支架、假體、節育器等，是絕對禁忌證。非鐵磁性、弱鐵磁性金屬植入物，需要參照產品說明，大多數植入物可在1.5T甚至更低的靜磁場中進行安全檢查，要盡量避免在超高磁場中進行檢查(說明書特別注明除外)。
4.高熱患者、急性鼓膜穿孔患者、危重癥需要生命監護者是相對禁忌證，大部分監護儀及急救裝置不能進入磁場。
5.有幽閉恐懼癥或精神過度緊張，經對癥處理不能完成檢查者。
6.無自控力或用鎮靜劑后仍無法配合者。
7.妊娠早期（ 3個月以內）一般不建議做磁共振成像檢查。