微生物作為示蹤劑的應用，包括如下步驟：地層水水質分析和地層水土著微生物分析；
在現有好氧或兼性厭氧微生物中篩選至少在菌體形態、菌落形態或生長溫度三個參數中一項與地層水土著好氧或兼性厭氧微生物不同的、在油藏環境下可以芽孢或其他休眠體的形式保持生命的微生物作為示蹤微生物；由注水井注入油藏；
在對應的采油井取樣檢測，根據檢測結果對油藏特性及注入水的流動參數進行分析。所述方法以無毒、無污染的微生物為示蹤劑，利用油田現有注水裝置注入，采用簡便的顯微鏡或平板培養計數法檢測。
本發明是一種既科學又經濟可靠的油藏井間示蹤方法，具有施工簡便、成本低、檢測范圍寬、靈敏度高、對人及環境無害等優點。