離子交換色譜儀分析中，離子交換劑不僅要與被分離物質進行交換，還要與緩沖液進行交換。
選擇的起始緩沖液的pH值和離子強度能使樣品中的有效成分與離子交換劑結合，而不能使樣品中的雜質與離子交換劑結合，pH值一般比有效成分的pI值高一個單位或低一個單位，就能把有效成分和雜質分開。或者選擇的起始緩沖液的pH值和離子強度能使樣品中的雜質和離子交換劑結合牢固，有效成分和離子交換劑結合不牢。
緩沖液選擇的關鍵是有效成分的等電點。對于一種分離的未知有效成分而言，其等電點須通過試驗才能確定。
洗脫液的選擇主要是使和離子交換劑結合的成分解離下來。洗脫液的離子強度比起始緩沖液高。