A：離子產物掃描法（Production scanning）是蛋白質組學研究里最常用的MS/MS質譜檢測策略。該方法的目的就是要獲得蛋白質片段離子的質譜圖，然后據此鑒定出蛋白質的氨基酸序列。在本試驗中，第一個質譜儀MS1是用來篩選出某一特定的母離子。隨后，被選出的母離子在碰撞池中經由碰撞誘導解離作用（collision-induceddissociation, CID）被進一步裂解成更小的片段，然后這些小片段分子經由第二個質譜儀MS2進行分析、鑒定。對不同的母離子反復進行這種分析最終就可以獲得蛋白質的完整氨基酸序列。
B：母離子掃描法。在這里，第二個質譜儀MS2只對一個母離子進入檢測。第一個質譜儀MS1對所有母離子進行掃描后挑選出一個母離子進入MS2。通常來說，該方法適用于檢測某一樣品中包含特殊功能基團的蛋白質亞群，這些基團包括磷酸酯基團或糖基化修飾基團等。
C：性丟失掃描法（Neutralloss scanning）能夠以同步的（synchronized）方式同時對兩種待測樣品進行分析。分子量不同的各種離子可以持續不斷地通過MS1和MS2。在碰撞池中，不符合分子量要求的中性片段分子都被篩掉了。因此，該方法適用于分析樣品中具有某種特定功能的多肽。該方法最常應用的領域是發現被磷酸化修飾的絲氨酸或蘇氨酸位點。
D：離子監測法（Multipleion monitoring, RM）是由一系列的實驗組成的。MS1和MS2會分別挑選出一母離子和一特定的能代表該母離子的片段分子。然后，經由一系列的實驗轉化操作（母離子——小片段分子配對操作），最后收集實驗信號（色譜洗脫時間）以供結果分析。MRM方法適合對復雜樣品中已知片段特性的特定樣品進行分析。