雖然說種子能否順利萌發主要受溫度、光照、土壤水分、鹽分和深埋等環境條件的影響，但是也不可否認的是種子本身的品質優劣是影響種子發芽的關鍵，即使在環境條件都滿足的情況下，種子品質不好，同樣難以發芽，因此現代農業對于種子的品質要求很高，種子計數器等檢測儀器在種子檢驗工作中的應用頻率很高。
在種子的檢驗工作中，有幾個項目是必檢的，比如種子千粒重的測定和水分測定等，在測定之前，首先就需要利用種子計數器來挑選出一定數量的種子，然后在進行下一步的稱重或者是烘干操作，因此種子計數器的應用，相當于是樣品制備的過程，只不過與人工相比，種子計數器的計數效率會更高，也更加準確。
近年來，我們看到，隨著種子檢驗實驗室的不斷完善，種子計數器在種子檢驗工作中的應用頻率也越來越高，一方面不外乎是種子計數器的應用，大幅度提高了種子計數的效率，能夠有效降低在種子數粒過程中的時間損耗，使種子檢驗工作更加有序和高效，而另外一方面隨著種業商業化的發展，種子檢驗工作也需要利用這些科學儀器來進行完備，進一步提升種子檢驗的自動化程度和科技水平，為搶占種子市場提供支持。
而隨著種子計數器等儀器設備的應用，我國種子檢驗技術水平得到了極大的提高，投入市場的種子品質得到了保證，為區域種植提供了優良的，適應性廣，產量高的種子品種。