以往在種子X光機還沒有發展出來之前，人們通常是通過外觀來判斷種子的品質的，而隨著種子檢驗的深入，開始需要將種子粉碎，來檢測種子的水分含量等，但是更多的時候要進行種子的無損測定，因此種子X光機便發揮了作用。
以往人們認為種子外觀好的種子，其品質應該也不差，但是將種子解剖開之后，卻發現種子存在空粒、畸形粒和蟲洞等，有些則可能是發育不完善，但從外觀上很難看到這些，但是如果要一個個解剖開的話，有太麻煩，因此這個時候利用種子X光機，便解決了很多麻煩。
隨著技術的發展，種子X光機的功能也越來越完善，其顯示的圖像也越來越清晰，而將其用于種子的內部檢查，具有以下幾大優勢：
1.獲得高清晰、高質量的X光檢測畫面
通過種子X光機，種子檢驗人員可以用來識別種子的飽滿粒、空粒和畸形粒，測定種子的活力、成熟期以及種子內部的蟲害等，種子內部的情況一目了然。
2.檢測樣品適用范圍廣
種子X光機幾乎適用于所有的農作物種子和種內胚芽的檢查，皆能夠獲得高質量的檢測圖像，適用于農業、農業科研、種子實驗室、農業科研室。
3.為種子檢驗提供支持
通過種子X光機獲取的高質量檢測圖像，可以成為眾多農業科研機構和種子科研單位的研究依據，為進一步提高種子的品質提供參考。