移動界面電泳是將被分離的離子（如陰離子）混合物置于電泳槽的一端（如負極），在電泳開始前，樣品與載體電解質有清晰的界面。電泳開始后，帶電粒子向另一極（正極）移動，泳動速度最快的離子走在最前面，其他離子依電極速度快慢順序排列，形成不同的區帶。只有第一個區帶的界面是清晰的，達到完全分離，其中含有電泳速度最快的離子，其他大部分區帶重疊。
