移植排斥反應分為宿主抗移植物反應和移植物抗宿主反應。
(1)宿主抗移植物反應
在進行同種移植后，移植抗原(即組織相容性抗原)可刺激受體的免疫系統發生免疫應答，通過細胞免疫和體液免疫的共同作用(一般以細胞免疫為主)使移植物受損，稱為宿主抗移植物反應。HVGR可表現為以下幾種類型：
①急性排斥反應 這是同種移植中最常見的排斥反應類型。發生原因是由于術后數日，移植物抗原從血管內皮釋出，刺激受者的淋巴組織，引起免疫應答，從而發生對移植物的排斥。此反應在移植后最初幾周較多見，一旦發生，進展很快。病情也較嚴重。若經及時適當的免疫抑制劑治療，大多可緩解。
②超急排斥反應 此種反應在移植物與受體的血管接通后的數分鐘至數小時內即可發生。其發生機制是受者體內預存的抗供者組織的抗體與供者移植物的血管內皮細胞抗原和血細胞抗原形成的抗原抗體復合物沉積在血管壁，引起局部的Ⅲ型超敏反應。受者體內預存的抗體有ABO血型抗體，由于在人體心、肺、肝、腎等臟器細胞上也有血型抗原的存在，故ABO血型不符合的器官移植可發生超急排斥反應。此外，在受者血液中還可含有抗供者白細胞、血小板的抗體，這種抗體常由于受者曾接受過輸血、器官移植或多次妊娠而產生。可通過供者與受者的ABO血型配合試驗和交叉細胞毒試驗確定是否適合移植來避免超急排斥反應的發生。
③慢性排斥反應 在移植數周、數月甚至數年后發生，呈緩慢進行性。其發生原因有人認為是次要組織相容性抗原不一致引起的。由于對次要組織相容性抗原不甚了解，不易防治。
④加速排斥反應 由于再次免疫應答引起的排斥反應，即在第二次移植同一供者的組織后1～2天發生的加速排斥現象。這是因為受者針對初次接受的組織已經形成免疫應答，當再次移植同一供者的組織時，迅速發生免疫排斥反應，以致使移植物加速壞死。
(2)移植物抗宿主反應
移植物中的免疫活性細胞針對宿主體內組織相容性抗原發生免疫應答，其結果使宿主受損，稱為移植物抗宿主反應。GVHR的發生需要一定的特定條件：①宿主免疫系統缺乏或喪失排斥移植物的功能；②移植物中含有足量的能識別宿主組織相容性抗原的免疫活性細胞；③宿主具有移植物所缺少的組織相容性抗原。GVHR主要見于對原發生或繼發性免疫缺陷病人采用骨髓移植或反復大量輸血治療時。