移植后異體供者移植物中的T淋巴細胞，以受者靶細胞為目標發動細胞毒攻擊而致病。供者和受者HLA配型的不合位點越多，發生嚴重移植物抗宿主病的可能越大；
女性經產婦或受孕多次的供者，由于在妊娠期受胎兒異體抗原刺激而致敏，她們所提供的移植物易誘發移植物抗宿主病，年齡越大，發生率越高，且程度越重；受者移植前反復輸血可增加移植物抗宿主病的危險；
受者發生病毒感染，如巨細胞病毒、帶狀皰疹病毒、水痘-帶狀皰疹病毒等感染均可增加移植物抗宿主病的發生率，供者有病毒感染也如此。
