形狀鑒別
穿龍薯蕷：根莖類圓柱形，稍彎曲，有分枝，長10-~5cm，直徑0.3~1.5cm。表面黃白色或棕黃色，有不規則縱溝，具點狀根痕及偏于一側的突起莖痕，偶有膜狀淺棕色外皮和細根。質堅硬，斷面平坦，白色或黃白色，散有淡棕色維管束小點。氣微，味苦澀。[2]
顯微鑒別
根莖橫切面：
穿龍薯蕷：木栓細胞多列，常脫落。皮層較薄，細胞壁微木化，有粘液細胞，長51~58μm，直徑37~47μm，內含草酸鈣針晶束。中柱散生外韌型維管束。本品薄壁細胞含淀粉粒。
粉末特征：
穿龍薯蕷為淡黃色。
1、淀粉粒橢圓形、類三角形、葫蘆形、貝殼形，均較扁，兩端或一端較尖，邊緣有凹凸，直徑3~17μm，長至33μm，臍點長縫狀。
2、草酸鈣針晶束長48~112μm。
3、木化薄壁細胞淡黃色，長橢圓形或類長方形，一端稍狹窄或偏斜，直徑26~77μm，長約至343μm，壁厚2~5μm，微木化，紋孔較小；斷面觀圓多角形。
4、具緣紋孔導管直徑17~56μm，具緣紋孔極細密；有網紋導管。另有木栓細胞。[2]
理化鑒別
1、取本品粉末約2g，加水30ml，水浴上加熱10min，濾過。取水提取液2ml，置于具塞試管，振搖1min，產生大量峰窩狀泡沫，放置10min，泡沫沒有明顯消失。（檢查皂甙）
2、取上述水提取液2ml，加入2%紅細胞混懸液5-10滴，放置數分鐘，血液逐漸被溶解致使提取液呈紅色透明液。（檢查皂甙）
3、取本品粉末2g，加80%乙醇加熱浸提，濾過。濾液蒸去乙醇，放冷，殘渣溶于少量醋酸中，加醋酐和濃硫酸，應顯紫紅色。（檢查皂甙）
4、薄層色譜 取本品粉末1g，加2mol/L鹽酸約10ml，加熱水解4h，濾過。殘渣用水洗至中性，60℃真空干燥2h，加石油醚（60~90℃）回流提取4h，提取液蒸干后加氯仿2ml溶解作供試液；另取薯蕷皂甙元用氯仿制成每1ml含1mg作對照。各取10μl點于同一硅膠-10%CMC板上，用氯仿-丙酮（93:7）展開，噴霧3%磷鉬酸醇試液，加熱顯色。供試品色譜在與對照品色譜相應的位置上顯相同的藍色班點。[2]