GMH 致癇機制仍不完全明確，由于異位灰質團塊與正常皮層具有相同的細胞起源以及類似的生長發育、代謝過程，且具有一定的神經生理功能。研究發現，異位灰質不僅具有初級的運動及感覺功能，還能參與語言、視聽等高級認知功能，因此并不是孤立存在的異常結構。其在癲癇發作中的確切作用存在爭議。基底神經節網絡連接在癲癇發作中起著重要的作用，尤其是失神發作、發作期肌張力障礙表現的最為顯著，通過功能磁共振成像研究發現，異位灰質與基底節存在廣泛的功能連接，這可能是異位灰質引起癲癇發作的病理生理基礎之一。
丁成云研究認為異位灰質團塊即為癲癇灶，團塊中有體積較大的異形神經元，且發現切除的異位灰質團塊中的星形膠質細胞及異形神經元內有多藥耐藥基因蛋白（MDR－1）及耐藥基因相關蛋白（MRP）的高表達，是導致藥物難治性癲癇的基礎根源。然而，采用皮層電極（ECoG）及深部電極記錄發現GMH 患者的癲癇樣異常放電可以位于異位灰質內，也可以位于異位灰質的周圍或遠離異位灰質區域，異常放電范圍明顯大于異位灰質的范圍。但是，通過灰質異位癥癲癇動物模型研究發現，在灰質異位癥小鼠模型的腦片中發現癲癇波卻起源于海馬，動物模型體內實驗亦未見癇樣波起源于異位灰質內。
這些研究均提示單純切除異位灰質團塊并不一定能完全控制癲癇發作，位于重要功能區不能完全切除者不但效果不佳，而且有造成神經功能損傷的嚴重并發癥。部分灰質異位癥可伴發腦裂畸形、多小腦回、巨腦回、胼胝體發育不良等腦發育畸型，這些畸形本身常常也可導致藥物難治性癲癇，且難以做到徹底的切除性手術治療。因此，我們認為，雖然目前有SEEG 準確定位致癇灶的先進方法，以及ＶＮＳ、DBＳ等先進的神經調控方法治療藥物難治性癲癇，但對于經濟條件差，大范圍、廣泛性的功能區灰質異位的癲癇患者來說，通過立體定向引導顱內多靶點射頻毀損術治療，破壞癲癇網絡，阻斷異常放電的傳播路徑，控制或減少癲癇的發作，緩解患者的神經功能障礙和精神衰退，仍然是一種可供選擇的治療方法。
典型病例1 男，19歲。以“發作性意識喪失伴四肢抽搐9年余”為主訴入院。表現為先出現呼之不應，口角右歪，眼球向右側凝視，繼之右上肢強直，最后四肢強直陣攣。同期VEEG顯示左側額顳葉先出現棘波、多棘波、尖波，逐漸擴散至全導。發作頻率3～5次/日，服用多種抗癲癇藥物治療，療效差。入院時約1次/10日。診斷：癲癇；腦灰質異位癥。術后繼續服用丙戊酸鈉緩釋片，0.5/次，2/日。術后已8.5年未發作（圖1）。
圖1 單側多發室管膜下型灰質異位癥。圖A，BT2加權像見左側側腦室體旁白質區內多發結節狀稍長T2腦灰質樣信號，雙側大腦半球不對稱，左側半球腦回較對側寬大、腦溝變窄，腦表面灰質層變薄；圖CVEEG顯示左側額顳葉先出現棘波、多棘波，逐漸擴散至全導，提示左側為“異常優勢放電側”；圖D毀損左側全部海馬，包括海馬的頭、體尾部（白色箭頭所示），右側僅毀損部分杏仁核及海馬頭部（黑色箭頭所示）；圖E毀損雙側胼胝體（白色箭頭所示）：圖F 毀損左側Forel-H區（白色箭頭所示）。
典型病例2 男，15歲。以“發作性意識喪失伴四肢抽搐14年余”為主訴入院。14年前因發熱突然意識喪失，左側肢體抽搐，頭向左側扭轉，眼球向左側凝視，口角向左側歪斜，口唇紫紺，口腔內粘液增多，伴尿失禁，約1分鐘后癥狀緩解。以后上述癥狀反復發作，約2～3次/周，服用多種抗癲癇藥物治療，療效差。智力明顯減退。診斷：癲癇；腦灰質異位癥。術后繼續服用丙戊酸鈉緩釋片及卡馬西平片，術后1年半未發作，以后約1～3次/年（圖2）。
圖2 單側皮層下型灰質異位伴腦裂畸形。圖A、B、CMRIT2顯示右側顳、頂、枕葉腦灰質異位、巨腦回畸形伴腦裂畸形（白色箭頭所示）；圖DVEEG顯示右側各導多量尖波、尖慢綜合波、棘波、棘慢綜合波較左側顯著（右側異常優勢放電）；圖E、F毀損左側全部海馬，包括海馬的頭、體尾部（白色箭頭所示）；圖G 毀損雙側胼胝體（白色箭頭所示），黑色箭頭所示為異位灰質；圖H、I毀損右側Forel-H 區（白色箭頭所示），黑色箭頭所示為異位灰質。
典型病例3 男，29歲。以“發作性意識喪失伴四肢抽搐17年余”入院。患者17年前無明顯誘因出現發作性意識喪失，四肢抽搐，肢體僵硬，頭向右側扭轉，每次持續2～3分鐘后癥狀緩解，偶伴有小便失禁，發作前無先兆，發作后自感頭痛，平均1次/1～2日，有時表現為四肢不自主亂動，伴有咀嚼動作，平均5～6次/日，先后服用多種抗癲癇藥物治療，效果差，仍有發作，平均4～5次/月。近來發作時常突然向后摔倒，反復多次致傷后枕部。智力下降。診斷：癲癇；腦灰質異位癥；癲癇所致精神障礙。術后繼續服用丙戊酸鈉緩釋片及卡馬西平片，術后半年無發作，以后約1～2次/月（圖3）。
圖3 雙側皮層下型灰質異位伴腦裂畸形。圖A、BMRIT2顯示雙側頂、枕葉腦灰質異位伴腦裂畸形（白色箭頭所示）；圖CVEEG顯示雙側各導多量尖慢綜合波對稱發放，以右額顳明顯（右側異常優勢放電）；圖D、E 毀損右側全部海馬，包括海馬的頭、體尾部（白色箭頭所示），左側僅毀損部分杏仁核及海馬頭部（黑色箭頭所示）；圖F毀損右側Forel-H區（白色箭頭所示）。