第1類內含子,其5’剪接點和3’剪接點的序列絕大部分為…外顯子…U↓…內含子…G↓…外顯子…,除了剪接點序列特征之外,第1類內含子還具有比較保守的4種10一12核苷酸的序列,分別以5’-P-Q-R-S-3’表示,P、Q、R、S的一致序列。序列能與Q序列互補,R序列能與S序列互補,形成一個所謂中部核心結構。位于內含子序列中靠近5’剪接點的一段序列與兩個剪接點的邊界序列配對,將兩個剪接點拉在一起便于磷酸二酯鍵的切斷和再連接。內含子中能與兩個剪接點邊界序列配對的一段序列稱為內部引導序列(intemal guide sequence,IGS)。如內部引導序列GGACGG,與其5’剪接點上游的外顯子3’末端區的序列配對而形成雙鏈結構。此外,內含子形成了包括內部引導序列在內的9個雙鏈結構區。