等電聚焦電泳色譜儀是利用蛋白質分子或其它兩性分子的等電點不同，在一個穩定的、連續的和線性的pH梯度中進行分離，具有靈敏度高、分辨率高和重復性好等特點，特別適合大批量純度檢測和真實性鑒定以及遺傳多樣性等群體生物學領域的研究。pH梯度按形成方式可分為載體兩性電解質pH梯度和固相pH梯度等。
一、載體兩性電解質pH梯度：
載體兩性電解質pH梯度的介質是兩性分子，在電場中遷移到自己的等電點后自然形成pH梯度。
二、固相pH梯度：
固相pH梯度等利用一系列具有弱酸或弱堿性質的丙烯酰胺衍生物滴定時，在滴定終點附近形成pH梯度并參與丙烯酰胺的共價聚合，形成固定的、不隨環境電場條件變化的pH梯度，分辨率可達0.001pH。
三、載體兩性電解質與固相pH梯度混合技術：
即在固相pH梯度凝膠中加入載體兩性電解質作為添加劑，被稱為雜交等電聚焦。
載體兩性電解質pH梯度與固相pH梯度的區別在于，前者是兩性分子，在電場中兩性分子遷移到自己的等電點而形成pH梯度；后者不是兩性分子，在凝膠聚合時便形成pH梯度。