1.顯微結構分析
電子探針是利用0.5μm－1μm的高能電子束激發待分析的樣品，通過電子與樣品的相互作用產生的特征X射線、二次電子、吸收電子、 背散射電子及陰極熒光等信息來分析樣品的微區內(μm范圍內)成份、形貌和化學結合狀態等特征。電子探針是幾個μm范圍內的微區分析， 微區分析是它的一個重要特點之一, 它能將微區化學成份與顯微結構對應起來，是一種顯微結構的分析。
2. 元素分析范圍廣
電子探針所分析的元素范圍從硼(B)——鈾(Ｕ)，因為電子探針成份分析是利用元素的特征X射線，，而氫和氦原子只有K層電子，不能產生特征X射線， 所以無法進行電子探針成分分析，鋰(Li)和鈹(Be)雖然能產生X射線，但產生的特征X射線波長太長，通常無法進行檢測，少數電子探針用大面間距的皂化膜作為衍射晶體已經可以檢測Be元素。能譜儀的元素分析范圍現在也和波譜相同，分析元素范圍從鈹(Be)——鈾(Ｕ)。
3. 定量分析準確度高
電子探針是目前微區元素定量分析最準確的儀器。電子探針的檢測極限(能檢測到的元素最低濃度)一般為（0.01－0.05）wt%， 不同測量條件和不同元素有不同的檢測極限，但由于所分析的體積小，所以檢測的絕對感量極限值約為10-14g，定量分析的相對誤差為(1—3)%，對原子序數大于11，含量在10wt% 以上的元素，其相對誤差通常小于2%。
4. 不損壞試樣、分析速度快
電子探針一般不損壞樣品，樣品分析后，可以完好保存或繼續進行其它方面的分析測試