1926年漢斯·布什研制了第一個磁力電子透鏡。
1931年厄恩斯特·盧斯卡和馬克斯·克諾爾研制了第一臺透視電子顯微鏡。展示這臺顯微鏡時使用的還不是透視的樣本，而是一個金屬格。1986年盧斯卡為此獲得諾貝爾物理獎。
1934年鋨酸被提議用來加強圖像的對比度。
1937年第一臺掃描透射電子顯微鏡推出。一開始研制電子顯微鏡最主要的目的是顯示在光學顯微鏡中無法分辨的病原體如病毒等。
1938年他在西門子公司研制了第一臺商業電子顯微鏡。
1949年可透射的金屬薄片出現后材料學對電子顯微鏡的興趣大增。
1960年代透射電子顯微鏡的加速電壓越來越高來透視越來越厚的物質。這個時期電子顯微鏡達到了可以分辨原子的能力。
1980年代人們能夠使用掃描電子顯微鏡觀察濕樣本。
1990年代中電腦越來越多地用來分析電子顯微鏡的圖像，同時使用電腦也可以控制越來越復雜的透鏡系統，同時電子顯微鏡的操作越來越簡單。