樣品室處在聚光鏡之下，內有載放樣品的樣品臺。樣品臺必須能做水平面上X、Y方向的移動，以選擇、移動觀察視野，相對應地配備了2個操縱桿或者旋轉手輪，這是一個精密的調節機構，每一個操縱桿旋轉10圈時，樣品臺才能沿著某個方向移動3mm左右。現代高檔電鏡可配有由計算機控制的馬達驅動的樣品臺，力求樣品在移動時精確，固定時穩定；并能由計算機對樣品做出標簽式定位標記，以便使用者在需要做回顧性對照時依靠計算機定位查找，這是在手動選區操作中很難實現的。
生物醫學樣品在做透射電鏡觀察時，基本上都是將原始樣品以環氧樹脂包埋，然后用非常精密的超薄切片機切成薄片，刀具為特制的玻璃刀或者是鉆石刀。切下的生物醫學樣品的厚度通常只有幾十個納米（nm），這在一般情況下用肉眼是不能直接看到的，必須讓切片飄浮在水面上，由操作熟練的技術人員借助特殊的照明光線，并以特殊的角 度才能觀察到如此薄的切片。切好的薄片被撈放在銅網上，經過染色和干燥后才能用于觀察.透射電鏡樣品的制作是一個漫長、復雜而又精密的過程，技術性非常強。但是我們前面介紹過，要想獲得優良的電鏡影像，制做優良的樣品標本乃是非常重要的第一步。