TCA與蛋白質之間主要有以下幾個方面的作用：
1、在酸性條件下與蛋白質形成不溶性鹽。
2、作為蛋白質變性劑使蛋白質構象發生改變，暴露出較多的疏水性基團，使之聚集沉淀。
3、隨著蛋白質分子量的增大，其結構復雜性與致密性越大，TCA可能滲入分子內部而使之較難被完全除去，在電泳前樣品加熱處理時可能使蛋白質結構發生酸水解而形成碎片，而且隨時間的延長這一作用愈加明顯；在電泳時使用TCA對蛋白質樣品的濃縮或除鹽時，對于分子質量大的蛋白質，要慎重選擇TCA。對小分子量蛋白質的濃縮，采用TCA時也有兩點需要注意：一是用TCA沉淀后，盡量用丙酮徹底抽提TCA；二是樣品處理后要盡快進行電泳分析，以免發生聚集及斷裂，造成結果分析的不準確。