1. 改善人體內微生態環境，有利于雙歧桿菌和其它有益菌的增殖，經代謝產生有機酸使腸內 pH值降低，抑制腸內沙門氏菌和腐敗菌的生長，調節胃腸功能，抑制腸內腐敗物質，改變大便性狀，防治便秘，并增加維生素合成，提高人體免疫功能 。
2. 低聚糖類似水溶性植物纖維，能改善血脂代謝，降低血液中膽固醇和甘油三酯的含量。
3. 低聚糖屬非胰島素所依賴，不會使血糖升高，適合于高血糖人群和糖尿病人食用。
4. 由于難被唾液酶和小腸消化酶水解，發熱量很低，很少轉化為脂肪。
5. 不被齲齒菌形成基質，也沒有凝結菌體作用，可防齲齒。
因此，低聚糖作為一種食物配料被廣泛應用于乳制品、乳酸菌飲料、雙歧桿菌酸奶、谷物食品和保健食品中，尤其是應用于嬰幼兒和老年人的食品中。在保健食品系列中，也有單獨以低聚糖為原料而制成的口服液，直接用來調節腸道菌群、潤腸通便、調節血脂、調節免疫等。
低聚糖很難或不能被人體消化吸收，所提供的能量值很低或根本沒有，這是由于人體不具備分解消化低聚糖的酶系統。一些功能性低聚糖，如低聚異麥芽糖、低聚果糖、低聚乳果糖有一定程度的甜味，是一種很好的功能性甜味劑，可在低能量食品中發揮作用，如減肥食品、糖尿病患者食品、高血壓病人食品。