大部分兒童中耳炎的病因都在于咽鼓管功能障礙，咽鼓管一端開口于鼻腔后方鼻咽部的側面，另一開口位于中耳腔，正常情況下咽鼓管的開放維持中耳炎的正常壓力，同時咽鼓管的纖毛運動將中耳腔的液體和細菌排出中耳炎。當鼻腔鼻咽部病變時，咽鼓管口受壓，失去正常生理功能，引起各型中耳炎。兒童咽鼓管較成人短、平，咽鼓管肌肉收縮無力，軟骨彈性較差，咽鼓管軟骨段管壁容易塌陷，因此發病率較成人為高，腭裂患兒更易患中耳炎。
