絕大部分先天性感染無臨床癥狀，但10%～15%表現為宮內生長受限、腦積水、廣泛出血點、紫癜、頭小畸形、腦室周圍鈣化、脈絡膜視網膜炎、癲癇、肺炎、骨異常、血小板減少、中性粒細胞減少和肝脾腫大并伴有直接膽紅素與轉氨酶的升高。被感染的嬰兒出生后多數有神經系統后遺癥，包括進展性感音神經性聽力損傷（SNHL）和神經發育落后。癥狀性先天性巨細胞病毒感染的患兒伴有發生先天畸形的風險較大，如伴腹股溝疝、馬蹄足等。有報道稱癥狀性先天性人類巨細胞病毒（HCMV）感染常由于肝功能失代償、出血、彌散性血管內凝血（DIC）或繼發細菌感染等而死亡，病死率為5%～10%。而先天性HCMV感染的低出生體重兒（<1500g）和早產兒（<32周）在發病早期即可出現呼吸系統癥狀惡化、中性粒細胞減少或膿毒癥。