人類
克雷伯氏菌主要寄生于人和動物的呼吸道或腸道中，在正常條件下極少危害人和畜禽，只有在特殊情況下才能引起人和畜禽發病，導致動物的肺炎、子宮炎、乳腺炎及其他化膿性炎癥。特別是由肺炎克雷伯氏菌引起的肺炎，一旦發生就難以控制，死亡率高達50%以上。
近些年來由于感染因素的改變，人感染的菌譜也發生了較大變化。總的趨勢是革蘭氏染色陽性球菌的感染在逐漸減少。而由革蘭氏染色陰性桿菌引起的感染在不斷增加，特別是一些毒力較弱的機會致病菌增加幅度較大，其中克雷伯氏桿菌已上升到僅次于綠膿桿菌，居革蘭氏染色陰性菌感染的第二位，可見其感染的嚴重性。克雷伯氏桿菌感染死亡率較高。人患克雷伯氏桿菌肺炎，較一般肺炎病情重，一般肺炎常用的首選藥物青霉素無效。
臨床表現不典型，可表現急性腹瀉，也可遷延不愈、慢性腹瀉。大便多呈稀水樣便、黃綠粘便，未見膿血便，每日5-6次，嚴重者達10次以上，出現脫水及電解質紊亂，多見低鈉血癥。
幼兒若喂養不當，易引起腹瀉，同時其機體免疫功能低下，易患呼吸道、腸道感染性疾病。若抗生素使用不當，使腸道菌群失調，繼發腹瀉或腹瀉加重。
動物
豬感染克雷伯氏桿菌后，表現精神沉郁，結膜蒼白，食欲減退，呼吸淺速，偶發咳嗽，站立不穩。
貂發病，精神委頓，拒食，呼吸困難，步樣不穩，蜂窩織炎或膿腫，急性可迅速死亡。
雞感染則發生眼炎，表現精神不振、食欲減退，呆立，羽毛松亂無光澤，低頭縮頸，初流眼淚，繼則眼瞼腫脹、閉眼、流漿液或粘液膿性分泌物。該菌感染是雞胚和2周齡雛雞死亡以及臍炎的重要原因。