由于卵巢殘余綜合征多發生于困難的盆腔手術后，其臨床表現也比較復雜，歸納如下：
1.卵巢殘余綜合征最常見的臨床表現是下腹痛伴盆腔包塊。常發生在進行困難的雙側卵巢切除術后數周及數年內，多發生在術后5年內。下腹疼痛約占65%，盆腔腫塊約占75%。
2.疼痛表現多種多樣，持續性或間歇性，一側或雙側下腹周期性或持續性隱痛、鈍痛、刺痛或進行性腹痛可向會陰部放射，部分向背部放射，有些病例疼痛甚劇而需急診。
3.有盆腔壓迫感。
4.多數患者有性交痛或性交困難。
5.少數可因輸卵管受侵犯而出現肋部疼痛，以及經常出現尿路感染。有功能的卵巢殘留組織使膀胱出口梗阻，從而出現急性尿潴留。殘留的卵巢容易囊性變，造成輸尿管遠端梗阻。靜脈腎盂造影可見輸尿管擴張或移位尿路梗阻的特點，周期性發作，表現為腎絞痛、血尿、膀胱刺激癥狀等。