在結構上,Cdks有三個重要的功能域。第一個功能域是ATP的結合部位和該酶的活性部分;第二功能域是調節亞基(Cyclin)的結合部位;第三功能域是P13suc1的結合部位(P13suc1能抑制激酶活性,阻止細胞進入或退出M期)。各種Cdk在細胞周期內特定的時間被激活,通過磷酸化底物,驅使細胞完成細胞周期。