氯代烷酸或乙醛酸可以與殼聚糖上的羥基或氨基進行反應，得到相應的羧基化殼聚糖衍生物，羧甲基殼聚糖因其良好的水溶性和綠色環保性，在環保水處理、醫藥和化妝品等領域得到越來越廣泛的應用。如N，N-二羧甲基殼聚糖磷酸鈣在促進損傷骨頭的修復、再生中有重要應用。氯代烷酸與殼聚糖的化學反應可以在殼聚糖的羥基和氨基上發生，得到水溶性較高的N，O-羧甲基殼聚糖，羧甲基的取代度隨著殼聚糖相對分子質量的降低而增大，N，O-羧甲基殼聚糖在防止心臟手術后心包粘連、蛋白質合成與積累、玉米氮代謝等方面效果顯著。
