先天性肝囊腫病人年輕時常常無癥狀，35～40歲以后漸漸出現癥狀，表現為上腹部腫塊。肝區及上腹部疼痛，通常為隱痛，若出現囊內出血，也可伴有腹部劇烈疼痛；囊腫壓迫鄰近器官也可造成進食減少，脹痛、嘔吐、黃疸等；少數嚴重的肝囊腫也可造成腹水、門脈高壓癥。合并其他臟器囊腫的病人可相應出現一些表現。臨床檢查早期常無任何陽性發現，對于較大的肝囊腫，查體可觸及右上腹腫塊，表面光滑、質韌，合并感染時可伴有觸痛。
