小腦膿腫被誤診的疾病通常有以下幾種：
一、化膿性迷路炎：是最常見的誤診對象。當早期病人出現頭痛、眩暈、嘔吐、共濟運動障礙體征及眼球震顫，尚未出現腦膜刺激征時，會因病人有中耳炎病史而誤診為迷路炎。
二、化膿性腦膜炎，尤其是耳源性腦膜炎：當小腦膿腫病人在急性感染炎癥階段，除有發冷發熱、頭痛、頻繁嘔吐、全身乏力、嗜睡、困倦、頸部抵抗或腦膜刺激征之外，無明顯神經系統局限性體征.腦脊液中白細胞增加，頭顱CT掃描早期無膿腫顯示，易誤診為化膿性腦膜炎。
三、小腦腫瘤：慢性小腦膿腫病人，尤其是隱源性小腦膿腫，在經常間斷性使用抗生素的情況下，可完全無原發感染癥狀和體征出現，而表現出小腦損害的征象。如果不詳細詢問病史，未及時找到原發感染灶，輔助檢查又發現小腦占位性病變時，易誤診為小腦腫瘤。