機體免疫良好的CMV感染者大多數呈無癥狀的隱性感染，因而成為骨髓和器官移植者CMV感染的傳染源。所以，在進行移植前對供體進行CMV血清學檢查是十分重要的。移植后發生巨細胞病毒性肺炎存在如下臨床表現：
1.急進型
在移植后1～2月即出現發熱、咳嗽、不適、呼吸困難、活動力下降、缺氧和呼吸衰竭；肺部聽診多無體征，合并細菌或真菌感染者可聞及啰音；病情進展快，可迅速惡化和死亡。常見于原發感染，體內無特異性抗體，因而發病急、重，易導致全身病毒血癥和繼發細菌、真菌感染。
2.緩進型
移植后3～4月發生，癥狀與急進型相似，但進展緩慢，癥狀較輕，死亡率低；肺部X線表現為彌漫性間質性肺炎、纖維化；病理表現為肺泡間質水腫，不同程度的纖維化，淋巴細胞浸潤和上皮細胞增生。常見于CMV再感染或潛伏的病毒激活所致。
AIDS患者CMV肺炎無特異性，常合并全身CMV感染，如視網膜炎、結腸炎、膽管炎和食管炎。