胃腸道中的內源性細胞常是繼發性腹膜炎的致病菌,最常見的為在腸桿菌,其次為腸球菌、糞鏈球菌、變形桿菌、綠膿桿菌等。對厭氧菌的研究表明,末前幾天回腸內需氧菌和厭氧菌的數目大致相等,而結腸內兩者之比超過3000∶1。故細胞性腹膜炎常是多細菌性混合感染。