慢性腎盂腎炎的表現與急性腎盂腎炎截然不同，其發病和病程很隱蔽。分為三部分：
1.尿路感染表現
不明顯，可有乏力、低熱、厭食等，間歇性出現腰酸腰痛等腎盂腎炎癥狀，可伴有尿頻、尿急、尿痛等下尿路感染癥狀。可表現為間歇性無癥狀性菌尿。
2.慢性間質性腎炎表現
如尿濃縮能力下降，可出現多尿、夜尿增多，易發生煩渴、脫水；腎小管重吸收能力下降可表現為低鈉、低鉀血癥，腎功能不全時也可出現高鉀血癥；腎小管酸中毒常見。慢性腎盂腎炎表現以腎小管功能損害表現為主，往往比腎小球功能損害更為突出。
3.慢性腎功能不全
發展至終末期可出現腎功能不全，可有水腫、乏力、食欲不振、貧血等表現。