通常情況下，淀粉類物質為檸檬酸的主要來源。首先將淀粉質的原料粉碎，然后給粉碎的原料加入適量的水并攪拌，將拌合料進行發酵，發酵之后通過過濾得到濾液，在濾液中加入碳酸鈣發生中和反應，過濾出檸檬酸鈣，使用硫酸對檸檬酸鈣進行酸解并過濾，對濾液進行離子交換脫色，之后濃縮、結晶，再干燥就得到了白色粉末狀的檸檬酸。
檸檬酸生產廢物主要來自發酵和提取工序中產生的廢中和液、濃糖水、洗糖水、洗罐水和洗濾布水，洗罐水的濃度最高，但相對于濃糖水，其水量較小，濃糖水的水量最大，且濃度較高，剩余各項廢水的濃度以及水量都較低。