臨床上將本病分為新生兒和成人淋菌性結膜炎。
成人淋菌性結膜炎潛伏期為10小時至2～3日，雙眼或單眼發病，病情急劇發展至浸潤期，眼瞼高度紅腫和疼痛；瞼結膜高度充血，伴小出血點及假膜形成；球結膜水腫，重者突出于瞼裂外；有耳前淋巴結腫痛，病初，分泌物為漿液性或血性，結膜刮片證明上皮細胞內有許多淋球菌存在，3～5日后，眼瞼腫脹有所減輕，變軟，而代之以大量膿性分泌物，自瞼裂源源不斷地流出，是為膿漏期，此時，分泌物中有大量淋球菌，經2～3周，膿性分泌物逐漸減少，但仍含淋球菌，有感染性；結膜水腫消退，瞼結膜高度肥厚，乳頭肥大，表面粗糙，可持續數月之久，炎癥消失，瞼結膜上可遺留深的瘢痕，角膜并發癥幾乎不可避免，除角膜上皮點狀熒光素著染以外，角膜周邊部實質淺層可見部分或全環形浸潤，浸潤與角膜緣間有窄的清亮區相隔，伴輕度前房反應，輕癥浸潤數日后消退遺留薄翳，重者形成與免疫介導的邊緣角膜融解相似的環形潰瘍，或中央部潰瘍，角膜彌漫模糊，局部變薄，很快穿孔，虹膜脫出。
新生兒淋菌性結膜炎是新生兒眼炎中最嚴重者，曾為盲童的重要致盲原因，潛伏期在2～5日內者多為母親產道感染，出生7日后發病者為產后感染。臨床表現為雙眼劇烈的急性結膜炎，發病初期瞼和球結膜水腫，充血，分泌物為水樣，血清樣，血性，但進展很快，發病數小時后即轉為膿漏期，有大量膿性分泌物，重度瞼球結膜水腫及炎癥，角膜變暗，周邊部浸潤，潰瘍，或中央部潰瘍，潰瘍穿孔，虹膜脫出，眼內炎，視力喪失。