三維圖像的重建
傳統的顯微鏡只能形成二維圖像，激光掃描共聚焦顯微鏡通過對同一樣品不同層面的實時掃描成像，進行圖像疊加可構成樣品的三維結構圖像。 它的優點是可以對樣品的立體結構分析，能十分靈活、直觀地進行形態學觀察,并揭示亞細胞結構的空間關系。
熒光漂白恢復技術
該方法的原理是一個細胞內的熒光分子被激光漂白或淬滅，失去發光能力，而鄰近未被漂白細胞中的熒光分子可通過縫隙連接擴散到已被漂白的細胞中，熒光可逐漸恢復。 可通過觀察已發生熒光漂白細胞其熒光恢復過程的變化量來分析細胞內蛋白質運輸、受體在細胞膜上的流動和大分子組裝等細胞生物學過程。
長時程觀察細胞遷移和生長
活細胞觀察通常需要一定的加熱裝置及灌注室，以保持培養液的適宜溫度及 CO2濃度的恒定。 激光掃描共聚焦顯微鏡，其光子產生效率已大大改善，與更亮的物鏡和更小光毒性的染料結合后可以減小每次掃描時激光束對細胞的損傷,用于數小時的長時程定時掃描,記錄細胞遷移和生長等細胞生物學現象。