（1）口腔黏膜病變克羅恩病常伴牙質、口腔及胃黏膜損害。口腔黏膜損害表現為頰部黏膜及舌側表面和口腔底部有腫脹、結節、疼痛感及潰瘍，特點為分布在黏膜皺褶間凹陷處，呈線形或阿弗他樣潰瘍，邊緣增厚，稍隆起，表面覆蓋白色纖維薄膜，典型的潰瘍稱為“鵝口瘡”樣潰瘍。潰瘍和增生互相交替，形成“鋪路石”樣改變。口腔病變是診斷克羅恩病的重要臨床依據。
（2）皮膚黏膜表現克羅恩病最常見的皮膚病變為結節性紅斑，表現為疼痛、紅斑樣或紫色結節，最常見于腿部，病變呈多發性，可發生于四肢。壞疽性膿皮病較嚴重，可出現壞死性潰瘍，有時病程與腸道炎癥不相一致。典型病變發生于下肢，但也可見于身體任何部位，偶見于手術切口。潰瘍性結腸炎則表現為不常見的較嚴重壞疽性膿皮病。黏膜表現以深在性口腔潰瘍多見。