生殖道沙眼衣原體感染的臨床表現特征是慢性經過。很多感染者無明顯臨床表現，但有可能引起嚴重的后遺癥，也是主要的傳染源。
1.男性感染
主要為尿道炎。潛伏期1～3周，臨床表現為尿道黏液性或黏液膿性分泌物，并有尿痛、尿道不適等癥狀。合并癥有附睪炎、前列腺炎等。附睪炎的臨床表現是一側的附睪疼痛、腫大，有觸痛。炎癥明顯時，陰囊表面的皮膚充血、發紅、水腫。有的患者并發睪丸炎，陰囊明顯腫脹、潮紅、劇痛、輸精管變粗。前列腺炎可無明顯癥狀，也可出現腰酸、下腹墜脹等。直腸炎主要發生在男性同性性行為者，尤其是被動肛交者中。臨床表現輕者無癥狀，重者有直腸疼痛、出血、腹瀉及黏液性分泌物。
2.女性感染
女性主要發生宮頸炎和尿道炎。70%～90%的婦女宮頸沙眼衣原體感染無癥狀，可持續數月至數年。有癥狀發生時，可出現陰道分泌物異常，非月經期或性交后出血。尿道炎的癥狀有排尿困難、尿頻、尿急等。衣原體宮頸感染如不治療，可向上發展發生盆腔炎。表現有下腹痛、性交痛等，長期持續的感染可導致不育、宮外孕（異位妊娠）和慢性下腹痛。
孕婦的生殖道沙眼衣原體感染可增加早產、低出生體重和胎膜早破的危險性。如未經有效治療，可傳染新生兒，引起新生兒眼炎及肺炎。