癥狀性Rathke囊腫可見于各種年齡，但多發生于40～50歲之間。病程緩慢，平均3～4年，但亦可因發生垂體卒中而迅速發病。一般臨床癥狀為頭痛、視覺障礙及內分泌改變。在內分泌改變中最常見者為全身無力、性功能減退、發育遲緩、尿崩、肥胖等。有的病變向上發展，引起垂體柄受壓扭曲，使血泌乳素增高；在女病人表現為閉經、泌乳，男病人表現為陽萎。血化驗除泌乳素水平增高外，其他多項垂體激素如促腎上腺皮質激素、促性腺激素、促甲狀腺激素等水平降低。囊腫向上發展者還可引起視力、視野改變。個別病例報告有無菌性腦膜炎、繼發性空蝶鞍，或在囊腫內形成膿腫等。Thomas（1998）統計，文獻上報道Rathke裂囊腫合并顱內感染者共9例。此外，也有個案報告病情突然惡化，發生垂體功能低下或腎上腺皮質功能衰竭、垂體卒中等。因此，多認為本病應及時治療。還有個案報告該囊腫可與垂體瘤或顱咽管瘤共同生長。