1. 可用作醫藥、農藥、染料及其他有機合成中間體。可用來合成2-氨基嘧啶、2-氨基-6-甲基嘧啶、2-氨基-4,6-二甲基嘧啶，是制造磺胺嘧啶、磺胺甲基嘧啶、磺胺二甲基嘧啶等磺胺藥物的中間體。
2. 鹽酸胍（或硝酸胍）與氰乙酸乙酯反應，環合為2,4-二氨基-6-羥基嘧啶，用于合成抗貧血藥葉酸。還可用作合成纖維的防靜電劑。
3. 也可用于蛋白質變性劑。
