酵母基因組共有約400個tRNA基因,含有內含子的基因僅占十分之一。內含子的長度從14到46個堿基對不等,它們之間并無保守序列,切除內含子的酶識別僅是共同的二級結構,而不是共同的序列。通常內含子插入到靠近反密碼子處,與反密碼子堿基配對,未成熟tRNA的反密碼子環不存在,而是以插入的內含子所構成的環。