1、孢子、孢囊和病毒比自養型細菌耐受性高；
2、水必須進行前處理，因為紫外線會被水中的許多物質吸收，如酚類、芳香化合物等有機物、某些生物、無機物和濁度；
3、沒有持續消毒能力，并且可能存在微生物的光復活問題，最好用在處理水能立即使用的場合、管路沒有二次污染和原水生物穩定性較好的情況（一般要求有機物含量低于10μg/L）；
4、不易做到在整個處理空間內輻射均勻，有照射的陰影區；
5、沒有容易檢測的殘余性質，處理效果不易迅速確定，難以監測處理強度；
6、處理水量較小；
7、較短波長的紫外線（低于200nm）照射可能會使硝酸鹽轉變成亞硝酸鹽，為了避免該問題應采用特殊的燈管材料吸收上述范圍的波長。