小腸結腸炎耶爾森氏菌是20世紀30年代引起注意的急性胃腸炎型食物中毒的病原菌，為人畜共患病。潛伏期約攝食后3-7天，也有報導11天才發病。病程一般為1-3天，但有些病例持續5-14天或更長。主要癥狀表現為發熱、腹痛、腹瀉、嘔吐、關節炎、敗血癥等。耶爾森氏菌病典型癥狀常為胃腸炎癥狀、發熱、亦可引起闌尾炎。有的引起反應性關節炎，另一個并發癥是敗血癥，即血液系統感染，盡管較少見，但死亡率較高。本菌對易染人群為嬰幼兒，常引起發熱、腹痛和帶血的腹瀉。
偽結核耶爾森氏菌可引起斷奶豬與生長豬發病，表現為輕度發熱，眼瞼、面部及腹部腫脹，腹瀉，糞便中帶有黏液和血液。小腸結腸耶爾森氏菌可導致斷奶豬腸道臌脹、腹瀉，間歇性排出糊狀稀糞，糞便中混有黏液和腸黏膜脫落物，糞便表面常有紅色或暗褐色血液，有時在較成形的糞便表面附著一層灰白色、油光發亮的薄膜。豬體溫一般正常，少數升高到40℃以上。病程長的病豬，食欲差，消瘦，被毛粗糙，步態不穩。死亡率不高，但生長發育受阻。仔豬可因脫水休克死亡。成年豬常可耐過。