腸球菌為圓形或橢圓形、呈呈單個或成對或短鏈狀排列的革蘭陽性球菌，無芽胞，無鞭毛，為需氧或兼性厭氧菌。本菌對營養要求較高，要求高鹽（6.5%NaCl）,高堿（pH9.6）,40%膽汁培養基和10-45℃環境下生長。在含有血清的培養基上生長良好。在血平板上經37℃培養18小時后，可形成灰白色、不透明、表面光滑、直徑0.5～1mm大小的圓形菌落，不同的菌株表現為不同的溶血現象。與同科鏈球菌的顯著不同在于本菌在生化反應上能耐受高鹽和膽汁培養基，并對許多抗菌藥物表現為固有耐藥。在40%膽汁培養基中能分解七葉苷，氧化酶和觸酶試驗陰性，多數菌種能水解吡咯烷酮-β-萘基酰胺（PYR）。
根據其利用糖類的特征可將腸球菌分為3組：第一組以鳥腸球菌（E.avium）為代表；第二組以糞腸球菌(E.faecalis)等；包括屎腸球菌(E.faecium)等；第三組以堅韌腸球菌(E.durans)為代表。其中對人類致病者主要為糞腸球菌和屎腸球菌。在臨床分離菌中糞腸球菌占85%～95%、屎腸球菌占5%～10%，其余少數為堅韌腸球菌和其他腸球菌。