根據腸系膜血管阻塞的性質、部位、范圍和發生的緩急，臨床表現各有差別。一般阻塞發生過程越急、范圍越廣，表現越嚴重。動脈阻塞的癥狀又較靜脈阻塞急而嚴重。一般發病急驟，早期表現為突然發生劇烈的腹部絞痛，惡心、嘔吐頻繁，腹瀉，腹部平坦、柔軟，可有輕度壓痛，腸鳴音活躍或正常。其特點是嚴重的癥狀與輕微的體征不相稱，全身改變也不明顯，但如血管閉塞范圍廣泛，也可較早出現休克。隨著腸壞死和腹膜炎的發展，腹脹漸趨明顯，腸鳴音消失，出現腹部壓痛、腹肌緊張等腹膜刺激征。嘔出暗紅色血性液體或出現血便，腹腔穿刺抽出液也為血性。血象多表現血液濃縮，白細胞計數在病程早期便可明顯升高，常達20×109/L以上。腸系膜上動脈血栓形成的患者，常先有慢性腸系膜上動脈缺血的征象，表現為飽餐后腹痛，以致患者不敢進食、日漸消瘦，并伴有慢性腹瀉等腸道吸收不良的癥狀。當血栓形成突然引起急性完全性血管阻塞時，則表現與腸系膜上動脈栓塞相似。腸系膜上靜脈血栓形成的癥狀發展較慢，多有腹部不適、便秘或腹瀉等前驅癥狀。數日至數周后可突然劇烈腹痛、持續性嘔吐，但嘔血和便血更為多見，腹脹和腹部壓痛，腸鳴音減少。