潛伏期一般為3周，亦可短至數日或長達余年。
1、輕型臨床癥狀不明顯，間歇出現腹痛、腹瀉，糞便中有包囊。常為致病性與非致病性蟲主混合感染。腸道病變輕微，有抗體形成，當肌體抵抗力下降時，可發生痢疾或肝膿腫癥狀。
2、普通型包括急性與慢性兩種表現，全身癥狀輕，無發熱，起病緩慢呈間歇性腹瀉又稱阿米巴痢疾。典型急性表現為粘液血便呈果醬樣，每日10余次，便量中等，糞質較多，有腥臭，答辯鏡檢可發現滋養體。本型的基本表現為結腸直腸炎熱，癥狀輕重與病變程度有關，如病變局限于盲腸、升結腸、粘膜潰瘍較輕時有便此次增多，偶血便，潰瘍較時表現為典型緩解，未經治療或治療不徹底者易復發或轉入慢性。慢性者各種癥狀可交替持續數月或數年，反復遷延發作后可致貧血、乏力、腹脹、排便規律改變或腸道功能紊亂，體檢觸及結腸增厚與壓痛。大便鏡檢可有滋養體和/包囊。
伴里急后重，糞便量多，伴有嘔吐、失水，甚至虛脫或腸出血、腸穿孔或腹膜炎。本型少見常發生在感染嚴重、營養不良，孕婦或接受激素治療者。