杵狀指為最突出的臨床表現之一，指（趾）端呈球狀正常的甲周160度角度減小，手指在甲床基部厚度超過遠端指間關節的厚度，甲床基部周徑大于遠端指間關節的周徑。由于甲床軟組織增生和水腫，指甲觸診有一種“擺動感”。晚期皮膚增厚，指甲變彎，發紺，產生鼓槌樣畸形。部分患者手足增粗變厚，長度不增加而呈鏟狀或獸掌狀。
皮膚表現主要是皮膚增厚和腺體肥大，進行性皮膚增厚以臉部皮膚和頭皮進行性增厚、逐漸形成皺褶為特征。皮膚腺體肥大包括油脂腺肥大和汗腺肥大，主要表現為脂溢、痤瘡及多汗。
骨骼病變主要變現為骨膜增生。20%～40%患者出現關節疼痛腫脹、關節積液。以膝踝腕關節受累多見，尚可累及肘、掌指關節和跖趾關節，一般呈不對稱性，疼痛以夜間為主，表現為關節輕度酸痛乃至劇烈疼痛。體征包括關節局部發紅、發熱、觸痛腫脹、關節積液和活動受限，也有表現為無痛性關節積液。在沒有大量肌肉覆蓋的部位，由于長骨骨膜新骨形成，可致前臂或小腿日益增粗，腕及踝關節亦相應粗大。
除上述表現，肥大性骨關節病患者還可有乏力、男性乳房女性化、陰毛女性樣分布、骨髓纖維化、胃腸增生性病變及染色體異常等。