膽道閉鎖的典型病例嬰兒為足月產，大多數并無異常，糞便色澤正常，黃疸一般在生后2-3周逐漸顯露，有些病例的黃疸出現于生后最初幾天當時誤診為生理性黃疸。糞便變成棕黃、淡黃米色，以后成為無膽汁的陶土樣灰白色。但在病程較晚期時偶可略現淡黃色。尿色較深將尿布染成黃色。黃疸出現后，通常不消退且日益加深，皮膚變成金黃色甚至褐色，可因瘙癢而有抓痕有時可出現脂瘤性纖維瘤，但不常見。個別病例可發生杵狀指或伴有發紺。肝臟腫大，質地堅硬脾臟在早期很少捫及，如在最初幾周內捫及腫大的脾臟，可能是肝內原因隨著疾病的發展而產生門靜脈高壓癥。在疾病初期嬰兒全身情況尚屬良好，但有不同程度的營養不良，身長和體重不足時常母親敘述嬰兒顯得興奮和不安。疾病后期可出現各種脂溶性維生素缺乏現象，維生素D缺乏可伴發佝僂病串珠和闊大的骨骺。由于血液動力學狀況的改變，部分動靜脈短路和周圍血管阻力降低在心前區和肺野可聽到高排心臟雜音。