氛膽道系統新型隱球菌感染發病隱匿，黃疽常為首發的主要臨床表現。黃疽發生的機制尚不太清楚，我們推測可能的機制：
① 隱球菌感染導致肝細胞壞死，出現類似肝炎樣表現，引起黃疽；
② 由于膽道系統隱球菌感染導致非特異性肉芽腫形成，膽管壁纖維組織增生，膽管壁增厚，以致出現膽管腔炎性狹窄，引起阻塞性黃疽；
③ 膽道系統隱球菌感染使膽汁成分發生了某種改變，成分發生改變的膽汁在膽管內淤滯，并和隱球菌的殘骸共同形成膽栓，膽栓阻塞了由于纖維組織增生而相對狹窄的膽管，引起阻塞性黃疽；
④ 反復發生的隱球菌感染導致肝硬化，引起黃疽；
⑤ 腫大的肝門部淋巴結壓迫膽管，引起黃疽。