1.繼發感染
病人可出現畏寒發熱、白細胞計數升高等毒血癥狀，上腹部包塊可有明顯壓痛，囊內壓力的增高可引起囊腫的破裂和出血，須高度重視。
2.囊腫破裂
囊腫可因囊內壓力的變化或外力的作用而破裂。表現為突發的上腹劇痛而囊腫明顯縮小或消失，出現急性腹膜炎體征，腹腔穿刺可抽出富含淀粉酶的液體。由于囊液的腐蝕和感染作用，囊腫能自發地向消化道穿透，形成內瘺，如囊腫-結腸瘺等，有的可能因此而導致消化道出血。
3.出血
囊腫繼發出血是直接威脅病人生命的嚴重并發癥。上腹部及胰腺周圍有許多較大的動脈血管，如胃左動脈、胃右動脈、脾動脈、脾靜脈等。由于囊腫的感染、壓迫和胰酶的侵蝕，可導致這些大血管的破裂出血，此時病人可突發上腹部疼痛、面色蒼白、心率加快、血壓下降等休克癥狀，同時腹部包塊可明顯增大。
4.其他并發癥
如囊腫有較小的破裂可形成胰源性腹水，部分病人還可有胰源性胸腔積液；胰頭部囊腫壓迫膽總管下端可引起梗阻性黃疸；囊腫壓迫門靜脈系統，可形成胰源性門脈高壓；胰島功能減退時，可出現高糖血癥。