機體對腦膜炎奈瑟菌感染的免疫力主要依賴于體液免疫。顯性感染、隱性感染或疫苗接種2周后，血清中群特異性IgG、IgM和IgA抗體水平明顯升高。分泌型IgA抗體可阻止腦膜炎奈瑟菌侵襲呼吸道粘膜上皮細胞；血清IgG及IgM抗體在補體的參與下有殺死病原菌的作用；血清抗體在補體的參與下可增強吞噬細胞對病原菌的吞噬與殺滅。6個月內的嬰兒可通過母體獲得IgG抗體，產生自然被動免疫，故很少發生感染。6個月后，來自母體的抗體水平逐漸下降，嬰兒對疾病的易感性逐漸增強，故6月～2歲年齡組嬰兒免疫力最低，是腦膜炎奈瑟菌的易感人群。