大腦深部的基底節區和腦干是許多神經纖維束走行的重要通路，是實現大腦與軀體神經聯系的橋梁。如果腔隙性腦梗死發生在這些通路上，就會造成某些神經傳導的阻斷，產生運動、感覺或語言障礙等方面的癥狀。由于腔隙很小，有時單純影響運動纖維或感覺纖維，而出現純運動性偏癱，或者僅出現沒有偏癱的半身感覺障礙。但是，并不是所有發生的腔隙都會產生癥狀，只有那些累及重要神經通路或神經結構的腔隙才會有表現，否則也可以沒有任何癥狀。
一般癥狀有頭暈頭痛、肢體麻木、眩暈、記憶力減退、反應遲鈍、抽搐、癡呆，無意識障礙，精神癥狀少見。主要臨床體征為舌僵、說話速度減慢，語調語音變化，輕度的中樞性面癱，偏側肢體輕癱或感覺障礙，部分錐體束征陽性，而共濟失調少見。